Filtragem Biológica tem como função básica o processamento de toda matéria orgânica em suspensão no aquário, matéria orgânica que, se não for processada, começa a se decompor e prejudicar a qualidade da água do aquário, consequentemente impossibilitando a manutenção da vida dentro dele.

Chamado de FBF, é composto por placas perfuradas colocadas por baixo da camada de cascalho, com uma saída acoplada a um compressor de ar ou, mais recentemente, a uma bomba submersa. O fluxo de água através da camada de cascalho aumenta a oxigenação nesta, permitindo a fixação de bactérias benéficas, que convertem produtos tóxicos da água em elementos não tóxicos. Esse sistema de filtragem deu um grande impulso ao aquarismo.

As placas plásticas perfuradas são colocadas no fundo do aquário. Cobertas com cascalho, por onde a água irá circular. É nesse cascalho que as bactérias irão se fixar, formando colônias que processarão a matéria orgânica.